Podés vaciar los directorios:
/home/e-smith/files/users/user1/Maildir/new/
/home/e-smith/files/users/user1/Maildir/cur/
donde user1 es el nombre del usuario del cual quieres eliminar el correo.
Igualmente, yo, en tu lugar, no eliminaría esos correos.
Si han llegado a ocupar su cuota, o bien que descarguen sus correos, o que soliciten que les aumenten la cuota.
Espero que te haya sido útil mi comentario.
Saludos.
Juan.