Nur so eine Idee, aber vielleicht mal memtest86 laufen lassen, vielleicht ist ein Speicherriegel etwas 'wackelig' und bei Vollast erzeugt er dann Speicherfehler?
Was ich auch mal hatte schadhafte SATA/IDE Kabel/Stecker, die verursachen Fehler die man schwer auf die Kabel zurückführen würde, mag banal klingen, aber das erlebte ich schon selbst bei neuen Rechnern, schlechte Kabelsteckverbindungen gerade bei SATA können auch dafür sorgen, dass bei starker Beanspruchung des Busses (wenn zur Reorganisation die Haupt Cronjobs laufen) es zu Timing Problemen kommt kann.